Malignantilla James Wan ('Saw') osoittaa jälleen kerran, kuinka epätavallinen hänen näkemyksensä kauhuelokuvantekijänä on. Elokuva kertoo tarinan Madisonista (Annabelle Wallis), naisesta, joka alkaa nähdä visioita kauhistuttavista murhista ja huomaa näkevänsä ihmisten kuolevan reaaliajassa. Lisäksi tappaja paljastuu olevan sidoksissa Madisonin lapsuuteen, josta hän ei paljon muista. Kun poliisi alkaa epäillä häntä murhista, hänen pikkusiskostaan Sydneystä (Maddie Hasson) tulee hänen ainoa toivonsa lähde. Tässä on kaikki mitä sinun tarvitsee tietää 'Malignant.' Päättymisestä. SPOILERS EHEAD.
Tarina alkaa Simion Research Hospitalissa vuonna Seattle, Washington , vuonna 1999. Tohtori Florence Weaver (Jacqueline McKenzie) ja hänen kollegansa, tohtori Victor Fields (Christian Clemenson) ja tohtori Gregory (Amir AboulEla), yrittävät hoitaa salaperäistä nuorta potilasta nimeltä Gabriel, joka on epäinhimillisen vahva ja pystyy hallitsemaan sähkölaitteita mielensä mukaan. Erityisen väkivaltaisena yönä Gabriel tappaa useita sairaalan työntekijöitä ja loukkaa muita. Weaver on toivonut voivansa auttaa Gabrielia, mutta nyt hän ymmärtää, kuinka katastrofaalisesti hän oli väärässä. Hän käskee alaisiaan kiinnittämään Gabrielin sängylle, jotta hän voi leikata syövän.
Nykyään Madison on useita kuukausia raskaana. Keskustelussaan väkivaltaisen aviomiehensä Derekin (Jake Abel) kanssa paljastuu, että hän oli raskaana muutaman kerran ennen, mutta kaikki päättyivät keskenmenoon. Derek työntää hänet yhtäkkiä niin kovaa seinää vasten, että hän alkaa vuotaa päänsä takaa, ja seinässä on suuri kolhu. Kun Derek poistuu huoneesta, Madison sulkee oven ja lukitsee hänet ulos makuuhuoneesta.
Sinä iltana Derek herää kuullessaan melua. Hän näkee varjoihin käärityn hahmon katsomassa televisiota pimeässä. Mutta kun hän sytyttää valon, siellä ei ole ketään. Yhtäkkiä hahmo ilmestyy hänen taakse ja murtaa niskansa. Aistiessaan jotain tapahtunutta Madison tulee alas makuuhuoneesta. Kun hän näkee, mitä Derekille on tapahtunut, hän yrittää paeta. Mutta hahmo tarttuu häneen ja heittää hänet lattian yli.
Seuraavan kerran kun hän palaa tajuihinsa, hän on sairaalassa, ja Sydney on siellä hänen kanssaan. Sisareltaan Madison saa tietää menettäneensä lapsen. Samaan aikaan tapaukseen on määrätty etsiviä Kekoa Shaw (George Young) ja Regina Moss (Michole Briana White). He ajattelevat aluksi, että Derek ja Madison ovat väkivaltaisen murtautumisen uhreja. Mutta kun he oppivat Derekin väärinkäytöksistä, heidän huomionsa kääntyy Madisonin puoleen.
Kun Sydney tulee vierailulle, Madison on pultannut melkein kaikki sisääntulokohdat taloonsa. Sisarukset puhuvat keskenmenoista. On käynyt ilmi, että he eivät ole biologisia sisaria. Sydneyn vanhemmat adoptoivat Madisonin, kun hän oli 8 -vuotias. Sydney ei tiennyt tästä ja kasvoi uskomalla, että he olivat sukua keskenään. Madisonilla ei ole muistikuvaa elämästään ennen adoptiota. Hänelle se on melkein kuin tyhjä kangas.
Varjoinen olento on itse asiassa Gabriel. Hän sieppaa Seattlen maanalaisen kaupungin oppaan ja pitää hänet sidottuna ullakolle. Gabriel tappaa yksi kerrallaan tohtori Weaverin, tohtori Fieldsin ja tohtori Gregoryn. Jokaisen murhan aikana Madisonilla on visio itsestään läsnäollessaan ja todistaa väkivaltaista kuolemaa sen tapahtuessa. Hän ja Sydney ottavat yhteyttä poliisiin saadakseen nämä tiedot. Aluksi sekä Kekoa että Regina ovat skeptisiä. Sisarukset vierailevat myöhemmin äitinsä Jeannen (Susanna Thompson) luona, joka paljastaa, että Madison mainitsi Gabrielin useita kertoja nuorempana.
Weaverin tiedostoista poliisi päättelee, että Madison oli potilas Simion Research Hospitalissa alkuperäisellä nimellään Emily May. Sillä välin Sydney menee laitokseen ja tuo takaisin useita tiedostoja ja videonauhoja, jotka oli jätetty sinne. Kun hän ja Jeanne katsovat videonauhoja yhdessä, he alkavat vihdoin ymmärtää, mitä Madisonin kanssa todella tapahtuu.
Gabriel on Madisonin loinen kaksos. Heidän äitinsä Serena tuli raskaaksi heidän kanssaan, kun heidät raiskattiin 15 -vuotiaana, ja päättivät jatkaa sitä loppuun asti. Lasten syntymän jälkeen hän päätti jättää heidät Simion Researchiin. Yksi Jeannen ja Sydneyn yhdessä katsomista videoista osoittaa, että Serena kutsuu Gabrielia kauhistukseksi. Myöhemmin toisessa videossa paljon nuorempi Madison kutsuu Gabrielia Paholaiseksi.
Kuten tohtori Weaver toteaa yhdessä videossa, loiset kaksoset syntyvät kahdesta kohdussa kehittyvästä alkioista, jotka eivät erotu toisistaan. Toisesta kaksosesta tulee lopulta hallitseva, kun taas toinen jää alikehittyneeksi. Tämä eroaa yhdistyneistä kaksosista, koska loinen kaksos on riippuvainen hallitsevan kakson ruumiista. Kuten parasiitti, Gabriel saa ravintoa Madisonin ruumiista.
Gabriel on aina ollut psykoottinen. Tappajansa jälkeen laitoksella tohtori Weaver päätti erottaa hänet Emily/Madisonista. Tätä hän tarkoitti, kun hän mainitsi syövän leikkaamisen. Vaikka he poistivat kirurgisesti Gabrielin kehittymättömän kehon, he eivät voineet pyyhkiä kaikkia hänen jälkiä Emily/Madisonin mielestä, kun he jakoivat aivonsa. Kun he olivat poistaneet niin paljon kuin mahdollista, he sulkevat hänen kallon. Alkuvuosina adoptioperheensä kanssa Madison muisti Gabrielin. Hän vaikutti hänen käyttäytymiseensä ja joskus jopa hallitsi hänen kehoaan. Kerran Gabrielin hallinnassa Madison melkein tappoi Jeannen ollessaan raskaana Sydneyn kanssa.
Mutta Sydneyn syntymän jälkeen asiat alkoivat muuttua Madisonille. Hänen sisarensa läsnäolo elämässä sai hänet unohtamaan Gabrielin. Ja hän olisi unohtunut, jos Derek ei olisi työntänyt Madisonia seinää vasten herättäen hänet. Tuona välivaiheen aikana Gabriel selvisi toimimalla edelleen loisena. Hän ruokki sikiöitä Madisonin kohdussa, tappoi ne ja rakensi itsensä uudelleen. Huippukokouksessa Madison saa mielensä hallintaan ja vangitsee Gabrielin henkivankilaan. Hän tietää, ettei häkki pidä Gabrielia ikuisesti, ja päättää valmistautua siihen, jos ja milloin hän pääsee ulos.
Aina kun Gabriel lähtee metsästämään, hänen vääristyneet kasvonsa tulevat ulos Madisonin kallon takaa. Hän ottaa haltuunsa Madisonin ruumiin ja tekee hänestä vangin hänen omassa mielessään. Joten, mitä Madison näkee visioina, on itse asiassa se, mitä tapahtuu ulkomaailmassa. Gabriel tietää, että Madison pystyi unohtamaan hänet Sydneyn takia. Joten hänen paluunsa jälkeen hänestä tulee yksi hänen kohteistaan.
Hänen ensimmäinen uhrinsa, Seattlen maanalaisen kaupungin opas, osoittautuu Serenaksi. Gabriel pitää hänet vankina Madisonin kodin ullakolla. Vaikka huipentuma näyttää Gabrielin tappavan Madisonin ja Serenan, nämä kuolemat ovat osa hänen näkemystään, kun Madison ottaa haltuunsa oman mielensä. Sekä Serena että Sydney paljastetaan olevan elossa elokuvan viimeisessä kohtauksessa. Kekoa selviää myös todennäköisesti, koska hänen vammansa ei ole hengenvaarallinen.
Kyllä, näyttää siltä, että Madison syntyi erityisillä kyvyillä. Ja koska Gabriel voi hallita hänen mieltään, hänellä on täysi pääsy heihin. Hän on paljon vahvempi kuin mikään tavallinen ihminen ja osaa manipuloida sähköä ja sähkölaitteita. Aluksi hänellä ei ollut puhekykyä, mutta myöhemmin hän alkoi lähettää ajatuksiaan äänilaitteiden kautta. Näin hän voi kommunikoida kuulusteluhuoneessa olevien etsivien kanssa Madisonin ollessa heidän kanssaan. Kun Madison saa lopulta hallinnan kehostaan, hän pääsee käsiksi voimiinsa.